Os cursos do CAPACITA IESEP em sua maioria são oferecidos na modalidade presencial, em formato de curta duração, podendo em alguns casos envolver o ensino híbrido. O CAPACITA IESEP utiliza diversas metodologias de ensino, com ênfase na integração teórico-prática, em especial por meio do ensino tradicional, da problematização, do treinamento de habilidades e/ou da simulação realística, dentre outras.

Os espaços de ensino do CAPACITA IESEP permitem a aplicação do conhecimento teórico em cenários simulados, assim como o aprimoramento de habilidade técnicas e intelectuais. Além disso, as metodologias adotadas, buscam estimular a participação ativa do aluno na construção do conhecimento, sendo o professor um mediador da aprendizagem.